目前，國內外常用的冷凍干燥機有多種，而目前應用更廣泛的則是含有制冷系統、融霜系統、熱媒循環系統及蒸汽排放系統的冷凍干燥機，其制冷系統主要含有制冷壓縮機、冷凝器、節流閥、冷阱盤管，融霜系統主要含有融霜閥、冷阱及冷阱排出閥，其熱媒循環系統主要含有循環泵、電加熱器、制冷換熱器、擱板、儲液器，蒸汽排放系統主要含有箱體、冷阱、及箱蒸汽排出閥、阱蒸汽排出閥。

　　熱氣回收利用節能措施，其制冷系統中壓縮機排出的是含有很高熱量的高溫高壓蒸汽，通過冷凝器將熱量排掉；熱媒循環系統在需要升溫或補充熱量時，通過電加熱器進行加熱；蒸汽排放系統在需要排出蒸汽時，打開箱蒸汽排出閥和阱蒸汽排出閥，將蒸汽排放；冷阱需要融霜時，打開融霜系統的融霜閥，向冷阱內放入融霜水或融霜蒸汽，將冷阱盤管上的冰溶解，較后通過冷阱排出閥將冷阱內的水排出冷阱。

　　而且自動控制先要根據凍干曲線和設備運行時序用PC機編制一個凍干程序或周期，然后選定該周期投入運行，設備便可進行自動控制了。不同廠家生產的設備編程方法是各不相同的，即使同一廠家生產的設備由于配置，不同和產品的不斷改進，也不完全相同，因此在使用前用戶都需要對其有一定的了解。

 在冷凍干燥機的長期運行中，其制冷壓縮機必然持續排出大量的熱量，而冷阱盤管上所凝華的冰也必然需要大量的熱量來融化后排放出；同時，根據需求，很多都具有熱媒循環系統和在位蒸汽滅菌功能，而熱媒循環系統在必要時需要加熱，在位蒸汽滅菌運行中或結束后又需要排出大量的蒸汽。